Este programa busca contribuir al reconocimiento y ejercicio de los derechos de los pueblos indígenas en el país. Entre las principales actividades que desarrolla destacan:
- Promoción del respeto y protección de los derechos de los pueblos indígenas.
- Investigación, documentación y monitoreo de la situación de derechos de los pueblos indígenas.
- Defensa legal ante violaciones graves de los derechos de los pueblos indígenas.
- Cooperación con las organizaciones indígenas en su lucha por la adecuación de la legislación nacional al estándar internacional.
- Formación y capacitación para comunidades indígenas, sociedad civil, organismos públicos, policías y jueces, entre otros.
- Promoción del diálogo entre pueblos indígenas y otros actores desde sus propias formas de organización e institucionalidad indígena.